Müzikoloji Türkiye'de,Avrupa'nın doğu müziğiyle ilgilenmesine paralel olarak, 1910'lardan sonra gelişmiştir.Türkiye'de müzikolojinin başlangıcı ve gelişiminden kısaca söz etmek gerekirse Farabi,İbn Sina,Abdülkadir Maragi,Ladikli gibi nazari ve Ali Ufki,Kantemir gibi eserler veren müzikolog denebilecek kişilerle karşılaşırız;ancak Türkiye'de müziğin bilimsel olarak masaya oturtulması ve incelenmesi, tarih içerisindeki müzikolojik çalışmaların araştırılması ve müzikoloji biliminin gelişimi hakkında,kaynaklar doğrultusunda bilgi edinilmesini amaçlayan müzikoloji bölümü,1984 yılında Mimar Sinan Üniversitesi bünyesinde Ahmet Adnan Saygun'un önderliğinde kurulmuştur.Böylelikle Saygun besteciliğinin yanısıra müzik araştırmacılığına da verdiği önemi ortaya koymuştur.Prof.Cengiz Tanç yurtdışından döndükten sonra Mimar Sinan Üniversitesi'nde müzikoloji dersleri vermiş,aynı zamanda bölümün başkanlığını üstlenmiştir.1988-2004 yılları arasında Prof.Filiz Ali başkanlığında faaliyet gösteren müzikoloji bölümü 2004 yılında Prof.Filiz Ali'nin emekliliğinin ardından bölüm başkanlığına Prof.Gülper Refiğ'in atanması ile yeni bir yapılanma sürecine girmiştir.